近些年來，許多教堂在翻修時將恢復(fù)彩繪玻璃窗戶作為了其中的一個重要部分。對于教友來說，這是增強(qiáng)自身信仰熱忱的一種方式，而對于外教人來說，這是心目中教堂不可或缺的一個部分。這些玻璃的制作工廠來自于四面八方，既有上海教區(qū)自己的工場、也有上海和外省的一些玻璃工廠，甚至不乏從國外進(jìn)口的作品。

由于沒有直射光進(jìn)入建筑物，所有光線都經(jīng)過彩色玻璃過濾，讓整個大教堂處于一種絕對的靜穆中，安靜而從容不迫，更加具有中世紀(jì)信仰的神圣性。
教堂的另外一個重點(diǎn)是彩色玻璃，在教堂內(nèi)的彩色玻璃都非常特別，用玻璃制作圖像臺凸顯出圣經(jīng)里的人物或是故事，如為基督教徒會被這里的彩色玻璃所吸引，在教堂內(nèi)部總共有56個玻璃窗，31個圓形的玫瑰圖案以及25個彩色幅彩色玻璃窗的精美圖案，但是在這56個玻璃窗只有4個是最完整無瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由當(dāng)?shù)刂鹘痰木用襁M(jìn)行一些整修，而這些彩色玻璃窗都是由法國沙特爾省的LorinFirm所制造。
這種神秘體驗(yàn)的就是那些細(xì)而長，嵌滿彩色玻璃，幽暗而神秘的哥特式彩色玻璃花窗——哥特式建筑的顯著裝飾特色之一。而米蘭大教堂的玻璃窗可能是全世界最大的，高約20米，共有24扇，主要以耶穌故事作為主題，正中的太陽光彩圖案寓意正義和仁愛，這些彩色玻璃沒有在長達(dá)500多年前的風(fēng)風(fēng)雨雨中損毀，至今仍光彩奪目
另一邊是向外散射的光線結(jié)構(gòu)。營造出教堂中的神圣感，墻壁的兩側(cè)配有14塊大理石面板組成的黑白色調(diào)，和彩繪玻璃的光暈形成奇妙的色彩組合。